Manter em quarentena os animais recém chegados ao criadouro. Esta quarentena significa manter os animais isolados, realizando exames parasitológicos e verificando se apresentam doenças transmissíveis. Incluem-se também adaptação e o encaminhamento para a formação de grupos.
Quando o animal apresentar debilidade, esgotamento, falta de apetite, pelos eriçados e se mantém afastado dos demais, suspeita-se de doença causada por parasitas intestinais que, num estágio mais avançado, poderá ser comprovada por larvas adultas em suas fezes. A capivara, neste estado de enfermidade, pode apresentar outro comportamento que serve ao criador como alerta: ao excretar, as larvas maiores destes parasitas também sairão juntamente com as fezes, grudando-se várias delas nos pêlos da região anal, formando-se uma placa visguenta e malcheirosa que perturba terrivelmente o animal, que esfrega esta região contra o solo na tentativa de livrar-se dela.
Como alguns animais seriamente parasitados às vezes não apresentam os sintomas de indiferença acima descritos, pode-se confundir esta atitude com uma doença popularmente conhecida como “descadeiramento” e que possui causas bem diferentes. É importante proceder-se sempre a um exame da região anal e das fezes do animal antes de efetuar a medicação. O ideal para se identificar e comprovar as causas exatas da enfermidade é o exame parasitológico das fezes.
Para tomar amostra das fezes, o melhor método recomendado é isolar o animal, deixando-o em um local que não tenha acesso à água. As amostras deverão ser colhidas frescas, com o máximo de cuidado, para evitar contaminação das fezes, e levadas rapidamente para o laboratório.
Quando o animal silvestre, é retirado da natureza e trazido para uma área confinada, recebe uma alimentação diferente daquela a que estava acostumado, consequentemente alguns problemas de ordem digestiva poderão aparecer de início. O sintoma mais comum é a diarréia, com os excrementos sem aquele aspecto ovalado característico, agora pastoso, formando pequenos montes.
Os principais sintomas são: inapetência, temperatura alta, pelos eriçados e secreções das fossas nasais. Afeta, principalmente, os recém-nascidos e jovens.
Podem ser causados por lutas entre os vários membros da espécie ou por cães etc. Também podem apresentar feridas do maxilar superior, causadas pelos incisivos do maxilar inferior, e que, se não tratadas, podem acarretar focos de infecção. O tratamento adequado é feito com cicatrizantes comuns, como por exemplo azul-de-metileno.
Uma infinidade de ectoparasitas, como por exemplo moscas-varejeiras, mutucas e carrapatos, costuma atacar não só a capivara como qualquer outro animal. Alguns deles depositam seus ovos no corpo do animal, originando as larvas, que se desenvolvem por baixo da pele, causando incômodos e desagradáveis conseqüências aos animais atingidos.