Das pragas que atacam o aipo, as mais comuns são os pulgões, pertencentes ao gênero, Aphis, os quais são facilmente controlados com pulverizações. O aipo é atacado também por nematóides, que mostram a formação de galhas nas raízes e impedem o desenvolvimento normal das plantas. O controle desta praga poderá ser feito com o emprego de nematicidas.
A exposição do solo ao sol, por meio de diversas arações, e também a rotação da cultura com outras espécies que sejam resistentes ao seu ataque, contribuem para a diminuição dos nematóides.