Contrariando a crença geral de que a mamoneira é isenta de pragas e moléstias, conceito que se difundiu devido à vegetação espontânea da planta, existem pragas e moléstias importantes que comprometem bastante o desenvolvimento da planta.
Entre as moléstias que mais comumente ocorrem e que maiores prejuízos acarretam está o Mofo Cinzento, que em condições favoráveis promovem a destruição dos cachos. No Brasil, a mamoneira é considerada a única hospedeira do seu agente causal, um fungo.
O fungo desenvolve-se em inflorescência e frutos nos diversos estágios de desenvolvimento, com formações semelhantes à teia de aranha e com as suas frutificações parecendo um verdadeiro mofo.
A moléstia é controlada com medidas de caráter cultural, ou seja, cultivo de terrenos onde não se plantou a mamona recentemente, eliminação dos restos de cultura imediatamente após a colheita.
Outra moléstia que acarreta grandes prejuízos à mamona, é a murcha do Fusarium, que provoca o amarelecimento, a necrose e posterior queda das folhas, com reflexos importantes na produção.
Deve-se praticar ainda, a rotação de culturas para que o terreno não se infeste rapidamente com o fungo causador da moléstia.
Uma moléstia que compromete seriamente o rendimento da cultura é a Podridão do colo, causada por fungo de solo, ocorrendo principalmente plantas novas. A rotação de culturas e a desinfecção de sementes são práticas recomendadas para o controle do mal.
As pragas que ocorrem na cultura são pouco importantes, aparecendo, além de lagartas, algumas cochonilhas, entretanto muito pouco representa dentro da grande cultura.
Importância maior deve-se dar às moléstias acima citadas e que são responsáveis por graves prejuízos na produção desta oleaginosa.
Rotação de cultura
O agricultor que tradicionalmente cultiva outras culturas que não a mamoneira, pode em certas condições, através de um aproveitamento intensivo e racional da terra, elaborar um programa de rotação de culturas com esta oleaginosa.
A mamoneira além de oferecer produto de alta qualidade, é planta que se comporta magnificamente na manutenção e melhoria das propriedades físicas do solo, pois seu sistema radicular profundo e vigoroso promove o arejamento das camadas do solo. A mamona quando plantada após uma cultura que recebeu adubação intensiva, aproveita-se muito bem do efeito residual do adubo.
As folhas da mamoneira, por imposição fisiológica da planta, no final do ciclo secam e cai no solo, proporcionando excelente matéria orgânica para incorporação rica em cálcio, potássio nitrogênio. Além destas vantagens a rotação de cultura é indicada como medida fitossanitária.
Consorciação
Outra forma de plantio que, embora prejudique um pouco a cultura da mamoneira é praticada, é o seu plantio consorciado com outras culturas. Geralmente a mamona é plantada, tendo amendoim, feijão ou milho nas entrelinha. Combinação de culturas que dá bom resultado é o plantio da mamona com uma ou duas linhas de amendoim, entre as plantas. Nestas condições a produção das culturas nunca é igual a que seria obtida em culturas solteiras; entretanto é uma consorciação em que os efeitos da concorrência fazem-se sentir em grau menor.
Outra cultura bastante usada para plantio entre as linhas de mamona é o milho. A mamona deve ser semeada em primeiro lugar, um mês após procede-se ao plantio do milho. Deve-se plantar nesta ordem porque o desenvolvimento do milho é rápido no início e o da mamoneira é lento, evitando-se assim que a mamoneira seja abafada pelas plantas de milho. Entretanto esta consorciação é bastante prejudicial à mamoneira devendo ser evitada. As maiores e mais econômicas produções são obtidas em culturas isoladas quando todas as condições de desenvolvimento são proporcionadas à cultura.